- a -

• add_replace_elem_rhs() : assemble_residual.c
• advance_time() : time_loop.c
• apply_Dirichlet_BC() : matrix_utilities.c
• assemble_jacobian() : assemble_jacobian.c
• assemble_residual() : assemble_residual.c

- c -

• check_diag() : matrix_utilities.c
• concat() : strings.c

- e -

• elem_matrix_deriv() : assemble_jacobian.c
• ext_match() : strings.c

- f -

• fe_newton() : fe_newton.c
• fe_sw2_1d_density_pressure() : fe_sw2_boundary_integrals.c
• fe_sw2_1d_explicit_flow() : fe_sw2_boundary_integrals.c
• fe_sw2_1d_hvel() : fe_sw2_boundary_integrals.c
• fe_sw2_1d_implicit_flow() : fe_sw2_boundary_integrals.c
• fe_sw2_1d_pressure() : fe_sw2_boundary_integrals.c
• fe_sw2_1d_wall_friction() : fe_sw2_boundary_integrals.c
• fe_sw2_bc_discharge() : sw2_bc_discharge.c
• fe_sw2_bc_ele() : sw2_bc_ele.c
• fe_sw2_bc_flapd() : sw2_bc_flapd.c
• fe_sw2_bc_flapu() : sw2_bc_flapu.c
• fe_sw2_bc_flux() : sw2_bc_flux.c
• fe_sw2_bc_h() : sw2_bc_h.c
• fe_sw2_bc_hybrid() : sw2_bc_hybrid.c
• fe_sw2_bc_outflow() : sw2_bc_outflow.c
• fe_sw2_bc_sluiced() : sw2_bc_sluiced.c
• fe_sw2_bc_sluiceu() : sw2_bc_sluiceu.c
• fe_sw2_bc_tailwater() : sw2_bc_tailwater.c
• fe_sw2_bc_vel() : sw2_bc_vel.c
• fe_sw2_bc_vel_ele() : sw2_bc_vel_ele.c
• fe_sw2_bc_weird() : sw2_bc_weird.c
• fe_sw2_bc_weiru() : sw2_bc_weiru.c
• fe_sw2_body_resid() : sw2_body_resid.c
• fe_sw2_init() : fe_sw2_init.c
• fe_sw2_temporal() : sw2_body_resid.c
• fe_sw2_wd_average() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_bodyForce_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_boundaryPressure_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_continuity_temporal_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_convection_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_densityBodyForce_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_densityBoundaryPressure_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_densityPressure_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_gls_convection_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_integrate_triangle_f() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wd_pressure_triangle() : fe_wet_dry_integrations.c
• fe_sw2_wet_dry_factor() : fe_wet_dry_wrapper.c
• fe_sw2_wet_dry_wrapper() : fe_wet_dry_wrapper.c
• fe_sw2_wet_dry_wrapper_1d() : fe_wet_dry_wrapper.c
• fr_bedshstr_drag_coef() : fr_bedshstr_drag_coef.c
• fr_equiv_depavg_shstr_coef() : fr_equiv_depavg_shstr_coef.c
• fr_manningsn_to_rheight() : fr_manningsn_to_rheight.c
• fr_rheight_to_manningsn() : fr_rheight_to_manningsn.c
• fr_sav_drag_coef() : fr_sav_drag_coef.c
• fr_stationary_ice_coef() : fr_stationary_ice_coef.c
• fr_urv_drag_coef() : fr_urv_drag_coef.c
• free_bcgstab() : bcgstab_solver.c

- g -

• get_cell_dofs_ivars() : cg_maps.c
• get_residual_norms() : newton_tools.c
• global_to_local() : general_maps.c
• global_to_local_dbl_ivars() : cg_maps.c
• global_to_local_SVECT2D_ivars() : cg_maps.c
• grad2d_phi_dot_v() : fe_integrals_2d.c
• grad2d_phi_f() : fe_integrals_2d.c

- h -

• heat_residual() : heat_residual.c

- i -

• increment_function() : newton_tools.c
• initialize_dirichlet_bc() : newton_tools.c
• initialize_system() : newton_tools.c
• integrate_quadrilateral_area() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_dphi_f_f() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_dphi_f_h_h() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_f() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_gradF() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_gradPhi_dot_Dv() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_gradPhi_dot_f_g_v() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_gradPhi_dot_f_v() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_gradPhi_dot_vbar() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_phi() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_phi_f() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_phi_f_g() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_phi_f_lump() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_phi_h_df() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadrilateral_phi_h_g_df() : fe_integrals_2d.c
• integrate_quadZ_f() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_dphi_f_f() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_dphi_f_f_h() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_dphi_f_g_h() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_f() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_f_f() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_gradPhi_dot_f_g_v() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_gradPhi_dot_f_v() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_gradPhi_dot_v() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_gradPhi_dot_vbar() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_phi() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_phi_f() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_phi_f_g() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_phi_f_lump() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_phi_h_df() : fe_integrals_2d.c
• integrate_triangle_phi_h_g_df() : fe_integrals_2d.c

- l -

• load_global_mat_CSR() : assemble_jacobian.c
• load_global_mat_split_CSR() : assemble_jacobian.c
• load_global_resid() : assemble_residual.c
• local_dofs_to_global_dofs() : general_maps.c

- m -

• messg_dmax() : messg_dmax.c
• messg_dsum() : messg_dsum.c
• messg_imax() : messg_imax.c
• messg_imin() : messg_imin.c

- n -

• no_init() : no_init.c
• no_resid() : no_resid.c

- p -

• perturb_var() : assemble_jacobian.c
• poisson_residual() : poisson_residual.c
• prep_umfpack() : bcgstab_solver.c

- r -

• run_tests() : run_tests.c

- s -

• scale_linear_system() : scale_linear_system.c
• scoverage_alloc_init() : scoverage.c
• scoverage_free() : scoverage.c
• scoverage_read() : scoverage.c
• sdt_check_units() : sdt.c
• sdt_get_conversion_factor() : sdt.c
• sdt_init() : sdt.c
• sdvar_alloc_init() : sdvar.c
• sdvar_position_init() : sdvar.c
• sfile_checkExists() : sfile.h
• sfile_init() : sfile.h
• sfile_open() : sfile.h
• sflags_init() : sflags.c
• sivar_position_init() : sivar_position.c
• slin_sys_alloc_array() : slin_sys.c
• slin_sys_CSR_printScreen() : slin_sys.c
• slin_sys_init_array() : slin_sys.c
• smat_physics_free_array() : smat_physics_free.c
• smat_physics_position_flag() : smat_physics_position_flag.c
• smat_physics_printScreen() : smat_physics_printScreen.c
• smodel_alloc_init() : smodel_alloc_init.c
• smodel_alloc_init_array() : smodel_alloc_init.c
• smodel_free() : smodel_free.c
• smodel_free_array() : smodel_free.c
• smodel_printScreen() : smodel_printScreen.c
• smodel_super_build_dvars() : smodel_super_build_dvars.c
• smodel_super_no_read() : smodel_super_no_read.c
• smodel_super_read() : smodel_super_read.c
• solve_linear_sys_bcgstab() : bcgstab_solver.c
• solve_umfpack() : bcgstab_solver.c
• split_CSR_mat_vec_mult() : matrix_utilities.c

- t -

• test_grid_read_partition() : test_grid_read_partition.c
• test_jacobian() : test_jacobian.c
• test_la() : test_la.c
• test_newton() : test_newton.c
• test_residual() : test_residual.c
• test_sw2_nb() : test_sw2_nb.c
• test_sw2_wd() : test_sw2_wd.c
• test_timeloop() : test_timeloop.c
• time_loop() : time_loop.c

- u -

• umfpack_clear() : bcgstab_solver.c
• unscale_linear_system() : scale_linear_system.c
• update_dt() : time_loop.c
• update_function() : newton_tools.c